海洋渔业科学与技术系，简称海渔系，由原来的海洋渔业系和渔业资源系于2013年合并而成。设有海洋渔业科学与技术和海洋资源与环境2个本科专业，具有捕捞学硕士点和博士点、渔业资源学硕士点和博士点，1个水产学科博士后流动站。全系现有专职教师31名，其中教授10名，副教授13名，讲师8名，具博士学位25名，拥有海洋渔业科学与技术“国家级教学团队”、远洋渔业国际履约“全国高校黄大年式教师团队”等，师资力量雄厚。
本系教师的主要研究方向有鱼类行为学、渔具渔法学、远洋渔业系统集成、渔业资源生物学、渔业资源评估与管理、海洋生物保护遗传学、海洋生物功能基因组学、海洋生物学、海洋生态学、渔业法规与政策等，是国家远洋渔业工程技术研究中心、水产学科国家级实验教学示范中心、大洋渔业资源可持续开发省部共建教育部重点实验室、农业部大洋渔业资源环境科学观测实验站、农业部大洋渔业开发重点实验站、中国远洋渔业数据中心、农业部远洋渔业培训中心、上海高等学校本科教育高地、上海市重点学科、农业部重点学科等学科平台的核心成员。
海渔系教师积极投身海洋渔业事业，85%以上的教师具有远洋渔业第一线实践经历，为推动我国远洋渔业的发展起到了积极的作用。中国远洋渔业协会在我校设立鱿钓渔业技术组、金枪鱼渔业技术组、秋刀鱼渔业技术组、大型中层拖网渔业技术组等全国性行业技术咨询和服务机构，本系教师是各个技术组的负责人及骨干力量，多次应邀参加中国代表团或以中国渔业科学家身份出席一系列国际会议，参与有关法规条例的起草，为国际渔业履约中为维护和争取我方权益起到积极作用。
近年来，海渔系承担“卓越农林人才教育培养计划-复合应用型农林人才培养模式改革试点项目”、“上海市属高校应用型本科试点专业建设”、“上海市市属高校高水平特色项目－海洋生物资源与环境创新平台建设”等多个重要教学教改项目，同时还承担了多项国家级、省部级科研项目，先后获国家科技进步奖3项、国家教学成果奖1项，省部级科技奖和教学成果奖10多项。此外，海渔系在指导大学生创新创业方面成绩突出，近5年指导学生获得20多个国家级奖项，其中国家一等奖8项。