海洋科学学院是在1912年学校成立时所设的捕捞科基础上发展起来的传统特色学院,现建有国家远洋渔业工程技术研究中心、水产科学国家级教学示范中心、大洋渔业资源可持续开发省部共建教育部重点实验室、农业部大洋渔业资源与环境科学观测站、大洋生物资源开发和利用上海市高校重点实验室、上海市远洋渔业工程技术研究中心、上海市远洋渔业协同创新中心、上海市深渊科学工程技术研究中心、海洋环境监测与评价中心、农业部远洋渔业培训中心、渔业船舶验船师培训基地等国家和省部级科研及社会服务平台。同时与国内外研究机构合作成立中美海洋遥感及渔业信息研究中心、海洋生态系统与环境实验室、海洋渔业遥感与GIS技术实验室、大洋渔业环境信息与渔情预报产业化基地、海洋法律与政策研究所等一批特色科研平台。设有中国远洋渔业协会鱿钓渔业技术组、金枪鱼渔业技术组、大型中层拖网渔业技术组等全国性行业技术咨询和服务机构。建有远洋渔业学院、国际海洋研究中心、深渊科学技术研究中心和测绘应用研究中心等校级平台。

  学院下设海洋渔业科学与技术和海洋科学与技术2个系,4个本科专业:海洋渔业科学与技术(含海洋渔业技术、海洋渔业资源与管理两个专业方向)、海洋科学(含物理海洋学、应用海洋学两个专业方向)、海洋技术(含海洋信息工程、海洋测绘两个专业方向)、环境工程,其中海洋渔业科学与技术专业被列为国家管理专业,2007年被教育部评为国家特色专业,是上海市高校第二和第三期教育高地建设专业;海洋渔业科学与技术教学团队2008年分别获国家和上海市教学团队。2013年起海洋科学、海洋技术、环境工程按海洋科学类专业第一批次招生。具有1个水产学科博士后流动站;1个水产学科博士学位授予点;3个一级学科硕士学位授予点(水产学,海洋科学,环境科学与工程);8个二级学科硕士学位授予点(捕捞学、渔业资源学、渔业水域治理与保护、物理海洋学、海洋生物学、海洋化学、环境科学、环境工程),其中捕捞学为农业部和上海市第二、第三期重点学科,海洋渔业学科方向为上海市一流学科A类,海洋科学为上海市一流学科B类建设项目,海洋环境工程为上海市教委第五期重点学科。

  学院现有教职工150多人,其中教授、副教授50多人,博士生导师17人,硕士生导师55人;聘有院士特聘教授1名,国内外特聘教授14人;亚洲水产学会理事长1人,享有国家政府津贴5人,第六届国务院学位委员会学科评议组成员2人,第七届国务院学位委员会学科评议组成员1人,国家级有突出中青年专家1人,省部级有突出贡献的中青年专家2人,长江学者1人,新世纪百千万人才工程国家级人选2人,教育部本科教学指导委员会成员1人,教育部新世纪优秀人才1人,农业部杰出人才及创新团队1名,上海市领军人才1人,上海市优秀学科带头人1人,上海市曙光跟踪计划1人,上海市曙光学者5人,上海市科委启明星3人,上海市青年科技英才1人,晨光学者1人,东方学者3人。