上海海洋大学与中国远洋渔业协会及中国水产有限公司、上海水产集团有限公司等单位于2012年8月共同组建成立远洋渔业学院。学院紧密对接“海洋强国”、实施“走出去”和“一带一路”的国家战略，旨在适应现代化远洋渔业发展需要，建立适应社会主义市场经济发展的办学机制，更好地培养远洋渔业高质量的人才。

学院创新四位一体的办学模式：实行学校与企事业单位、行业协会联姻的合作模式，成立理事会，理事会在政府主管部门的指导下，行业协会对人才培养提供行业支持与指导，企业提供资金和实践基地的支持及实践过程的指导，高校对人才培养提供支持。学院创新培养模式：根据企业和社会对人才培养的需求，建立起本科和专业硕士学位培养一体化的人才培养模式，建立远洋渔业专业学位研究生基地，实行企业导师和高校教师联合指导的“双导师”培养模式，产学研相结合，“订单式”培养远洋渔业高技能人才。