国家远洋渔业工程技术研究中心的依托单位是上海海洋大学。紧密合作单位是上海水产（集团）总公司和中国水产总公司。实行管理委员会领导下的中心主任负责制，设立专家技术委员会作为管理委员会的技术和政策咨询部门，另外设置办公室、研发部、技术培训与推广部、企业合作部和财务部等部门支持中心的运转。   

组织结构示意图